Các tác dụng phụ phổ biến nhất của thuốc tránh thai có EE và CMA liều thấp đã được tìm thấy bao gồm bất thường về kinh nguyệt, đau đầu (37%), buồn nôn (23%), đau vú (22%) và tiết dịch âm đạo (19%) trong số những người khác.[2] Các công thức này không ảnh hưởng xấu đến ham muốn hoặc chức năng tình dục ở phụ nữ và cho thấy ít hoặc không có nguy cơ trầm cảm, thay đổi tâm trạng hoặc tăng cân.[5][25] CMA liều cao có liên quan đến rối loạn chức năng tình dục (ví dụ, giảm ham muốn tình dục, rối loạn cương dương), giảm lông trên cơ thể, suy tuyến thượng thận và thay đổi chuyển hóa carbohydrate.[12][13] Ngược lại, nó không chia sẻ tác dụng phụ của estrogen như khó chịu ở vú và gynecomastia.[7] CMA không làm tăng nguy cơ huyết khối tĩnh mạch.[5][25] Có một báo cáo trường hợp viêm da progesterone tự miễn với CMA.[23] Tương tự như các proestin khác nhưng trái ngược với progesterone, CMA đã được tìm thấy làm tăng đáng kể nguy cơ ung thư vú khi được sử dụng kết hợp với estrogen trong liệu pháp hormone mãn kinh.[39] Không có bất thường trong xét nghiệm chức năng gan đã được quan sát thấy ở những phụ nữ dùng thuốc tránh thai kết hợp có chứa CMA hoặc CPA.[2] Không giống như CPA, CMA liều cao dường như không liên quan đến nhiễm độc gan.[13]

Tương tự như vậy để megestrol axetat và medroxyprogesterone axetat, CMA xuất hiện hiển thị ít tiềm năng cho gan và gây ung thư hơn so với CPA trong sinh trắc nghiệm.[40][41][42][43][44] Điều này dường như có liên quan đến việc thiếu nhóm methylene C1α, 2α trong các steroid này.[41][42][45] Một trường hợp ung thư biểu mô tế bào gan đã được báo cáo ở một phụ nữ dùng thuốc tránh thai có chứa CMA.[40][43] Tuy nhiên, tỷ lệ mắc khối u gan ở phụ nữ kết hợp với thuốc tránh thai có chứa CMA dường như tương tự như đối với thuốc tránh thai có chứa các proestin khác.[43]